Pemilu 1999 diikuti oleh 48 partai politik dari berbagai spektrum ideologi. Beberapa partai yang mengikuti pemilu ini antara lain: Partai Golkar, Partai Demokrasi Indonesia Perjuangan (PDIP), Partai Kebangkitan Bangsa (PKB), Partai Persatuan Pembangunan (PPP), Partai Amanat Nasional (PAN), Partai Bulan Bintang (PBB) , dan masih banyak lagi.
1. Partai Indonesia Baru
2. Partai Kristen Nasional Indonesia
3. Partai Nasional Indonesia
4. Partai Aliansi Demokrasi Indonesia
5. Partai Kebangkitan Umat Islam Indonesia
6. Partai Umat Islam
7. Partai Kebangkitan Umat
8. Partai Masyumi Baru
9. Partai Persatuan Pembangunan
10. Partai Syarikat Islam Indonesia
11. Partai Demokrasi Indonesia Perjuangan
12. Pesta Abul Yatama
13. Partai Nasional Independen
14. Partai Demokrat Cinta Bangsa
15. Partai Amanat Nasional
16. Partai Rakyat Demokratik
17. Partai Syarikat Islam Indonesia
18. Partai Demokrat Katolik
19. Pesta Pilihan Rakyat
20. Partai Rakyat Indonesia
21. Partai Politik Islam Indonesia Masyumi
22. Pesta Bintang Bulan
23. Partai Solidaritas Buruh
24. Partai Keadilan
25. Partai Nahdlatul Ummat
26. Partai Nasional Indonesia – Front Marhaenis
27. Persatuan Pendukung Partai Kemerdekaan Indonesia
28. Partai Republik
29. Partai Demokrat Islam
30. Partai Nasional Indonesia – Massa Marhaen
31. Partai Permusyawaratan Rakyat Banyak
32. Partai Demokrat Indonesia
33. Pesta Kelompok Kerja
34. Partai Persatuan
35. Partai Kebangkitan Nasional
36. Partai Persatuan Demokrasi Indonesia
37. Partai Buruh Nasional
38. Partai Permusyawaratan Keluarga Gotong Royong
39. Partai Kedaulatan Rakyat
40. Pesta Cinta Damai
41. Partai Keadilan dan Persatuan
42. Partai Solidaritas Buruh Seluruh Indonesia
43. Partai Nasional Bangsa Indonesia
44. Partai Bhinneka Tunggal Ika Indonesia
45. Partai Solidaritas Persatuan Nasional Indonesia
46. Partai Nasional Demokrat
47. Partai Umat Islam Indonesia
48. Partai Buruh Indonesia