Setelah mengenali genotipe, Anda juga perlu memahami fenotipe. Fenotipe disebut juga suatu sifat yang ditunjukkan sebagai hasil pengkodean pada genotipe. Fenotipe adalah ciri fisik sebenarnya yang ditunjukkan oleh suatu organisme. Fenotipe adalah suatu sifat (baik struktural, biokimia, fisiologis, dan perilaku) yang dapat diamati dari suatu organisme yang diatur oleh genotipe dan lingkungan serta interaksinya.
Pada tataran organisme, fenotipe adalah sesuatu yang dapat dilihat/diamati/diukur, suatu sifat atau sifat. Pada tingkat ini, contoh fenotipe antara lain warna mata, berat badan, atau ketahanan terhadap penyakit tertentu. Pada tingkat biokimia, fenotipe dapat berupa kandungan zat kimia tertentu di dalam tubuh. Misalnya saja kadar gula darah atau kandungan protein pada nasi. Pada tingkat molekuler, fenotipe dapat berupa jumlah RNA yang dihasilkan atau deteksi pita DNA atau RNA pada elektroforesis.
Pada tanaman kacang polong, seperti pada contoh di atas, jika alel dominan bunga ungu terdapat pada genotipe, maka fenotipenya adalah ungu. Sekalipun genotipenya mempunyai satu alel ungu dan satu alel putih resesif, fenotipenya tetap ungu. Alel ungu dominan akan menutupi alel putih resesif dalam kasus ini.